Да нет )) Всё проще )) Второй закон Ньютона: F=ma. На корабль в открытом космосе действует одна сила фактически - от двигателей =) Силы притяжения пренебрежимо малы, никаких сопротивлений а ля воздуха/воды нет тоже, т.к. в космосе слишком мало молекул )
Поскольку на большом корабле и реактор, и двигатель явно больше, чем на маленьком, то и сила на него больше действует )) Если мощность двигателя пропорциональна массе кораблей, то ускорение будет одинаково у обоих кораблей
А вот на счёт маневренности другой вопрос. Тут в силу вступают изгибающие моменты, действующие на корабль при повороте с использованием маневровых двигателей, к примеру. Соответственно, маневренность будет определятся не столько маневровыми двигателями, сколько прочностью корабля на изгиб.. Аналогично с крутящими моментами
Грубая аналогия - гравитационное поле той же Земли. Сила тяжести, действующая на тела зависит от массы, а ускорение одно и то же =)