Можно попробовать параметры
/noFastFE – отключение «быстрой» прорисовки пользовательского интерфейса (правда, непонятно, что конкретно имеется ввиду) и
/triple, который разработчики рекомендуется использовать при мерцании пользовательского интерфейса и меню. Я не сталкивался с описываемыми тобой проблемами, т.к. являюсь обладателем типичного олдгеймерского компа, но оба ключа предназначены именно для решения проблем с отрисовкой UI. Подробности
здесь.
Кстати, оба параметра можно указывать вместе. Пробуй
Добавлено через 3 минуты
Хотя странно, что не тормозят менеджеры исследований и запуска... Впрочем, есть отличия – превьюшка кораблей. Ты настраивал игру на использование DirectX/OpenGL, или так и запускаешь в Software mode?