В любом случае если на корабле есть хоть какой-то экипаж, то он может перехватить управление и отключить поврежденные и зараженные системы, такая возможность изначально заложена в конструкцию корабля! Т.к. если есть команда, то она не только для сдувания пыли с позитронных мозгов
Если отлететь и не получится, то отрубить двигатели и оружие, вообще все обесточить как минимум можно.
В миссии с ржавым корытом видно, что большие корабли – это либо как игрушка с дистанционным управлением, с пульта. Просто сигнал с пульта заблокировали, и заменили его своим идентичным сигналом. Либо перепрошили БИОС. В обоих случаях полное отсутствие экипажа.
В общем в игре одно показывает наличие экипажа, другое говорит о его отсутствии. Разработчики об это и не думали скорее всего.
Можно еще придумать такое объяснение, что на одинаковых кораблях команда может быть, а может и не быть, а конструкция корабля позволяет им управлять как дистанционно, так и непосредственным пилотированием. Так можно объяснить почему иногда корабли себя ведут как беспилотные, а иногда при захвате кого-то там допрашивают, будь то Собан, или тот лётчик который сдох при допросе в третьей миссии
