Ten

В версиях игры 1.00 и 1.03 есть такая проблема – лично сталкивался. Причём касается не только построенных, но и захваченных кораблей. Игра, скорее всего, считает, что указанная точка выхода занята, и ждёт её освобождения. С этим, похоже, связана и другая проблема, когда облепившие тяжёлый корабль абордажники наотрез отказываются тащить его к материнскому кораблю – поди, тоже ждут.

Проблема проявляется спонтанно, не всегда сбрасываются загрузкой автосейва в начале миссии, и я, пока не добыл 1.05, кажись решал её загрузкой сейва перед гиперпрыжком в предыдущей миссии, обязательно перезапустив перед этим игру. Но точно уже не помню – дело было без малого 15 лет назад.

Тебе же, скорее всего, проще будет перейти на 1.05, благо перевод для неё тоже есть. Хотя начать игру, видимо, придётся заново – сейвы могут не подойти.