В игре ползунок основного цвета ниже передвинуть нельзя, но можно выставить чёрный цвет вручную. Для этого выходим из игры, открываем файл
Cataclysm.cfg, ищем в нём строчку, начинающуюся с
PrevColor0.base, и меняем указанное в ней число на 0. После этого с помощью первой кнопки под надписью PREVIOUS COLORS можно задать кораблям чёрный цвет корпуса (ну, относительно чёрный - насколько позволяет текстура).
В ХВ1 делаем то же самое, только файл, разумеется,
Homeworld.cfg 
ЗЫ. 5 лет назад эту проблему я решить не смог, хотя очень хотел. Но увы, не хватило смекалки заглянуть в конфиг-файлы игр...