Ну вот, понеслась...
Алекс, ну где ты видел в ХВ1 нерукотворные чудо-ядра? О них до третьего запуска ХВ2 и слыхом не слыхивали. Я ж писал про это выше. О причинах их появления тоже писал.
И как тогда быть со Стражами? Почему у них гиперпривод похож на наш? Почему такая схожесть не наблюдается с другими расами? У них что, тоже было чудо-ядро?
Так вот откуда лысый мародёр добыл источник своего могущества! Паршивец 
Что до нестыковки с досветовыми двигателями – ИМХО, это просто ляп. Видимо, при добавлении сего драматического момента сценаристы и геймдизайнеры упустили из виду радиус галактики. Но этот ляп достаточно легко исправляется (см. пункт 1). Что до вырождения – очень резонный довод, но нам неизвестна средняя численность населения кораблей-тюрем.
Ну и раз уж вспомнили о Рагнароке – нет, он подцепил какую-то форму жизни именно в гипере. Странно только, что она вполне освоилась и с нашей техникой, и с нашей органикой. Впрочем, этот вопрос в ХВК детализирован чуть более, чем никак. Гадать же на кофейной гуще не по мне.