У меня как-то получалось выделять модули на корабле (видимо, это баг, т.к. закономерности найти не удалось – всё случалось спонтанно), но слева от маркера здоровья красовался красный крестик, как у кораблей при апгрейде. Т е. управлять модулями отдельно нельзя. Но можно управлять самим кораблём
Впрочем, пока это не более чем идея – тесты, тесты и ещё раз тесты. Да в данном направлении я куда больше увлекался первым Хомяком.