1. Для того чтобы игра увидела все изменения, можно не упаковывать. Если же очень хочется, можно воспользоваться
WinBIG'ом, разворошив весь big-файл и упаковав его заново вместе с изменёнными файлами.
2. *.mex – файлы опорных точек, в них записаны координаты пушек, двигателей, доков и навигационных осветителей.
3. Для обладателей оригинальных лицензионных дисков

К слову,
не 1С – там exe-файл тоже крякнутый.