У меня не влияет - как выделен обьект: отдельные вершини или целиком. После установки Maya5.0, в настройках не лазил, ничего не менял. Потом установил, скаченный патч5.0.1 по твоим ссылкам и теперь Maya5.0.1 Пытался воссоздать картину, которую ты описал. Получил такую же фигню при условии, тянул (тем.синий) кубик по Z - во внутрь. Если ты всё делаешь правильно (как правильно пользоваться манипуляторами) - то это баг.
Ну что сказать, досталась тебе такая Maya,
с дефектом.