Как разработчики кстати это объясняют? Если телепортация. Как тогда объяснить, что нельзя туда бомбу послать?
Насчет перепрограммирования - игре вполне соответствует. Допустим все корабли, кроме мамки (и возможно мелкоты) беспилотные, а на мамке их операторы. Это объясняет и лимит, и то когда он достигнут, десантники (точнее, перепрограммисты) говорят "кораблей достаточно, оставим его тут", т.е. систему управления взломали, а передать её некому - на мамке рук не хватает. Это также объясняет почему обезвреженный корабль через некоторое время снова возвращается под контроль врагу, при том, что к нему не посылаются никакие фрегаты чтобы заселить новой командой. Оживает порезанная старая команда? Нет! Значит бортовой AI загружает старую систему из защищенных архивов, если к нему в течении определенного срока никто не обращается.
Теперь про фрегаты, высокотехнологичные хиигарцы ломают систему дистанционно, возможно этот луч не только фиксирует корабль но еще и конектится к бортовому компу, по сути физически фрегат никто не покидает. Ваигры не имея такой технологии вынуждены высаживать туда программеров. Скорее всего это разовые клоны с запасом кислорода минут на 5-10, чтобы не заморачиваться с их возвращением

Клонер и репликатор капсул установлен на самом фрегате.
Единственное, что эти ваигровские клоны могли бы бомбу с собой захватить (все равно помирать) или хотя бы молотком комп обработать – чтобы корабль так навсегда и остался висеть. А вот хиигарцы по любому никак не смогли бы предотвратить возвращение взломанного корабля врагу.
Все это всего лишь ИМХО, но основано оно непосредственно на игре, других источников у меня нет.