Работать они будут и распакованные. Конфиги кидать в папку Дата с сохранением иерархии, как она дана. Т.е. data/scripts или как-то там еще...
Но! При запуске с измененными конфигами необходим ключ
-OverrideBigFile, прописываемый в свойства ярлыка ХВ2.
SpookyRAT.