Насчёт «галочек» всё правильно – это индикаторы. А вот невозможность отдачи приказов во время паузы сделана разработчиками специально, чтобы игра не превращалась в пошаговую стратегию. На форуме, кстати, есть тема
Честно ли использовать паузу? [в HW2], походу пауза в первом Хомячке – самая честная
