Belhegor

Спасибо за майнлеер абилити, похоже именно этого и не хватало, буду посмотреть.

Добавлено через 6 часов 46 минут
Спасибо за подсказку!! всё заработало как часики, стоило вставить строку в свой неудачный вариант:
addAbility(NewShipType, "MinelayerAbility", 1, 15)
(тупо скопировал из другого корабля, потому что просто не знаю что эти цифры означают)
Подопытным выбрал hgn_iondestroyer, поставил все пушки антиракетными, потом половину, в итоге получил эсминец, на ходу исправно ведущий огонь и по снарядам и по кораблям противника. Отключение противоракетных орудий при вставке обычных оказалость виной неправильного тестинга.
Может кому понадобится, поэтому: итого для создания противоракетного корабля нужно
1) Сделать скрипт оружия, установив меткость и бронебойность для Missile/Bomb/Mine (лучше новый)
2) В свойствах корабля добавить абилку Minelayer и возможность атаки (в CanAttack) типа, к которому принадлежат снаряды.