В папку data, она находится в директории игры, после чего, создаешь второй ярлык игры, и редактируешь. В графе обьект в конце, после пробела дописываешь: -mod 
название мода.big
(название мода - разумеется не мод 

, а название big-файла мода).
В общем виде, это дело выглядит так: 
Code:
C:\Program Files\Sierra\Homeworld2\Bin\Release\Homeworld2.exe -mod HWUniverse.big
 Имя big-файла мода и название, что вписал в ярлык, должны быть 
одинаковыми!
И конечно сам путь к файлу зависит от того, где установлена игра.
P.S. Увы, но в 
HWUniverse с балансом между четырнадцатью расами, дела не всегда обстоят хорошо...