Я не уверен но возможно настраивается тут scripts\startingfleets
Описания 
http://hw2wiki.net/wiki.hw2.info/Var...ingFleets.html
По сути каждому судну которое стартует можно указать уровень исследование модулей и подсистемы и не только.
Эти параметры обсуждались еще тут 
http://www.homeworld3.ru/forum/showt...p?t=248&page=2
------------------------------
Пример:
Hgn_Battlecruiser сразу со всеми подсистемами на старте.
          type = "Hgn_Battlecruiser",
          subsystems = {
            {index = 0, name = "HGN_BATTLECRUISERIONBEAMTURRET"},
            {index = 0, name = "HGN_BATTLECRUISERIONBEAMTURRET"},
            {index = 0, name = "HGN_BATTLECRUISERENGINE"},
            {index = 0, name = "HGN_C_MODULE_HYPERSPACE"},
            {index = 0, name = "HGN_C_MODULE_FIRECONTROL"},
          },