С ионными на больших кораблях куча головной боли. Во первых они ОЧЕНЬ слабые. А так как ускорение времени при включённых двигателях нельзя включать (без последствий по крайней мере) то разгон на них может занять весь день (если есть дела - лучше выбрать курс, и оставить комп разгоняться сам пос себе сутки
)
Если же поставить их достаточно много, чтобы избежать предыдущего расклада - то они будут жрать ОГРОМНОЕ кол-во энергии. Придётся всю станцию покрыть солнечными батареями, и то не факт что хватит.
В принципе можно постараться найти опытным путём удачную конфигурацию с ними, или поставить более мощные варианты из модов, но в большинстве случае для полётов открытом космосе гораздо проще использовать атомные, хоть они и значительно уступают в эффективности ионным, но зато намного опережают по ней обычные (но только в вакууме).