Blazard

Моды вроде просто копируются в соответствующую папку а потом выбираются в самой игре (там в настройках пункт есть "Моды").

Папка для модов вроде расположена по пути:
*Имя_локального_диска*\Documents and Settings\*имя_учетной_записи*\Local Settings\Application Data\Ironclad Games\Sins of a Solar Empire
Далее находишь там папку с именем Mods и кидаешь в нее моды.
Также если у тебя стоит не только оригинал, но и аддоны или патчи, то папка для модов может называться немного по-другому. У меня например при установке патча 1.165 на оригинальную игру появились папки
Mods-Entrenchment v1.01 и Mods-v1.165
Я думаю они предназначены для модов совместимых только с этими версиями игры.